Ketika kita berbicara soal peternakan, yang terbayang mungkin adalah sapi, ayam, atau kambing. Namun, di era sekarang, akuakultur atau budidaya hewan air (seperti ikan, udang, dan teripang) justru menjadi salah satu sektor paling berkembang pesat. Permintaan global terhadap sumber protein dari laut semakin tinggi, sementara hasil tangkapan dari laut semakin terbatas. Maka, banyak negara dan petani ikan beralih pada budidaya perairan sebagai solusi.
Namun, tantangan besar muncul: bagaimana membuat hewan-hewan air ini tumbuh sehat, cepat, dan produktif tanpa ketergantungan besar pada pakan buatan dan obat-obatan kimia? Jawabannya ternyata ada pada sesuatu yang kecil, nyaris tak terlihat, tetapi punya pengaruh besar: mikrobioma usus.
Mikrobioma usus adalah kumpulan mikroorganisme yang hidup di dalam saluran pencernaan hewan, termasuk ikan dan udang. Mereka terdiri dari bakteri, jamur, virus, dan mikroba lain. Meskipun ukurannya sangat kecil, mikrobioma ini berperan penting dalam:
- Membantu mencerna makanan.
- Menghasilkan vitamin dan nutrisi penting.
- Meningkatkan sistem kekebalan tubuh.
- Melindungi hewan dari penyakit.
Dengan kata lain, usus hewan air bukan hanya tempat makanan lewat, tapi juga “pabrik alami” yang menentukan seberapa sehat dan cepat hewan itu tumbuh.
Baca juga artikel tentang: Domestikasi Wader: Menjaga Keanekaragaman, Menambah Penghasilan
Hubungan mikrobioma dan pertumbuhan hewan air
Penelitian terbaru menunjukkan bahwa variasi dalam mikrobioma usus sangat erat kaitannya dengan kecepatan pertumbuhan hewan air. Misalnya:
- Ikan karnivora seperti rockfish atau bass laut memiliki mikrobioma yang berbeda dibanding ikan herbivora atau omnivora.
- Udang dan teripang juga menunjukkan variasi mikrobioma tergantung pada jenis pakan dan lingkungannya.
Perbedaan komposisi mikroba ini ternyata memengaruhi seberapa efisien hewan-hewan ini menyerap nutrisi dari pakan, sehingga berpengaruh langsung pada berat badan, kesehatan, dan produktivitasnya.
Strategi mengatur mikrobioma
Para ilmuwan kini mencari cara untuk “memodulasi” atau mengatur mikrobioma agar lebih menguntungkan bagi hewan yang dibudidayakan. Beberapa strategi yang sedang berkembang antara lain:
- Probiotik khusus akuakultur
Sama seperti manusia yang mengonsumsi yogurt atau suplemen probiotik untuk kesehatan usus, ikan dan udang juga bisa mendapatkan manfaat serupa. Probiotik berupa bakteri baik ditambahkan ke pakan atau air untuk membantu menyeimbangkan mikrobioma usus. - Prebiotik
Ini adalah zat dalam pakan yang berfungsi sebagai “makanan” bagi bakteri baik, sehingga populasinya bertambah dan lebih dominan dibanding bakteri jahat. - Pakan berbasis alami
Menggunakan bahan-bahan alami seperti rumput laut, herbal, atau ekstrak tumbuhan tertentu yang bisa mendukung pertumbuhan mikroba sehat di usus hewan air. - Modulasi sejak dini
Peneliti menemukan bahwa masa awal pertumbuhan hewan adalah periode emas untuk membentuk mikrobioma yang sehat. Dengan mengatur mikrobioma sejak fase larva atau benih, dampaknya bisa terasa hingga hewan dewasa.

Tantangan dalam penelitian mikrobioma akuakultur
Meski menjanjikan, penelitian tentang mikrobioma usus hewan air masih menghadapi beberapa kendala:
- Variabilitas tinggi: Setiap spesies punya mikrobioma berbeda, bahkan dalam spesies yang sama, bisa berbeda tergantung lingkungan dan pakan.
- Kurangnya data: Riset mengenai mikrobioma ikan atau udang masih jauh lebih sedikit dibanding penelitian pada manusia atau hewan darat.
- Teknologi mahal: Analisis mikrobioma memerlukan teknologi canggih seperti sekuensing DNA, yang belum mudah diakses oleh semua laboratorium.
Namun, seiring berkembangnya teknologi biologi molekuler, hambatan ini semakin bisa diatasi.
Manfaat bagi peternak dan konsumen
Mengapa penelitian ini penting? Jawabannya sederhana: mikrobioma yang sehat berarti budidaya yang lebih efisien dan berkelanjutan.
Bagi peternak:
- Hewan tumbuh lebih cepat dengan pakan yang lebih hemat.
- Tingkat kematian akibat penyakit menurun.
- Kualitas produk (ikan/udang) lebih baik dan aman tanpa residu antibiotik.
Bagi konsumen:
- Mendapatkan ikan dan udang yang lebih sehat dan bernutrisi.
- Terjamin lebih aman karena risiko kontaminasi penyakit lebih rendah.
- Mendukung lingkungan karena penggunaan obat kimia bisa ditekan.
Menuju akuakultur masa depan
Konsep “farming the microbiome” atau beternak dengan mengelola mikrobioma kini mulai dilirik sebagai pilar utama akuakultur modern. Dengan pendekatan ini, peternakan ikan dan udang bisa beralih dari pola lama yang boros pakan dan bergantung pada antibiotik, menuju sistem yang lebih ramah lingkungan, hemat biaya, dan berkelanjutan.
Bayangkan di masa depan, seorang petani udang tidak hanya fokus pada kualitas pakan atau kebersihan kolam, tetapi juga pada “komunitas mikroba” yang hidup di usus udangnya. Ia bisa memilih probiotik tertentu atau pakan kaya prebiotik yang dirancang khusus untuk memperkuat mikrobioma, sehingga udang tumbuh lebih cepat dan jarang sakit.
Inilah gambaran akuakultur generasi baru: budidaya hewan air berbasis sains mikrobioma.
Mikrobioma usus adalah dunia kecil dengan dampak besar. Dalam budidaya ikan, udang, dan hewan air lainnya, memahami dan mengelola mikrobioma bisa menjadi kunci untuk meningkatkan pertumbuhan, kesehatan, dan keberlanjutan.
Penelitian tentang mikrobioma akuakultur memang masih muda, tetapi potensinya sangat besar. Dengan dukungan teknologi dan penerapan nyata di lapangan, bukan tidak mungkin dalam beberapa tahun ke depan, kita akan melihat revolusi biru dalam peternakan perairan, di mana mikroba menjadi sekutu utama petani ikan untuk memberi makan dunia.
Baca juga artikel tentang: Tetrastigma, Herbal Ajaib yang Bisa Bikin Ayam Tumbuh Lebih Optimal
REFERENSI:
Zhang, Zhimin dkk. 2025. Potential functions of the gut microbiome and modulation strategies for improving aquatic animal growth. Reviews in Aquaculture 17 (1), e12959.


